1.影响营养吸收
母乳或婴幼儿配方奶粉中含有人体骨骼、肌肉、器官、大脑等生长发育必不可少的微量元素，因缺乏乳糖酶，无法吸收奶中营养的婴幼儿一般会出现营养不良的各种症状，如缺钙、缺锌、缺铁和贫血症状等。
2.影响智力发育
乳糖在乳糖酶作用下形成的半乳糖是宝宝大脑发育必不可少的物质、长期乳糖不耐受影响婴幼儿大脑智力发育。 3.引发肠道问题
由于乳糖不耐，喝奶后，奶在婴幼儿体内无法被完全分解、消化、吸收滞留在肠腔内，在细菌的作用下形成各种有害物质，引起肠道菌群失调，引发肠胃问题。长期乳糖不耐易导致小儿难治愈的慢性腹泻，部分患儿会诱发尿布疹。
4.造成发育迟缓
乳糖不耐也会造成奶中维生素、蛋白质等婴幼儿生长发育必须物质难以被患儿消化、吸收。造成患儿体重低下及生长发育迟缓等问题。严重的时候，乳糖不耐诱发的并发症会危及患儿生命。